Nhà nhân chủng học Jason Antrosio đã mô tả một cách nhạo báng rằng tác phẩm Súng, Vi trùng và Thép này là một hình thức "khiêu dâm học thuật" (Academic porn), ông này viết rằng "Lời kể của Diamond khiến tất cả các yếu tố thống trị châu Âu trở thành sản phẩm của một lịch sử xa xôi và tình cờ" và "hầu như không có vai trò gì đối với quyền tự quyết của con người – Khả năng mà người ta đã có để đưa ra quyết định và ảnh hưởng đến kết quả. Những người châu Âu tự dưng lại trở thành những kẻ chinh phục vô tình, phát xuất ngẫu nhiên. Ông còn cho rằng "Jared Diamond đã gây ra những khúc mắc lớn khi kể về lịch sử loài người. Ông ấy đã bóp méo rất nhiều vai trò của quá trình thuần hóa và nông nghiệp trong lịch sử. Thật không may, khả năng kể chuyện của ông ta quá hấp dẫn đến nỗi đã quyến rũ một thế hệ đại học- những độc giả có học"[5]

Trong một cuốn sách cuối cùng được xuất bản vào năm 2000, nhà nhân chủng học và địa lý học James Morris Blaut đã chỉ trích tác phẩm Súng, Vi trùng và Thép, trong số các lý do đó là vì đã làm sống lại lý thuyết sự quyết định của môi trường (Environmental determinism), và mô tả Diamond như một ví dụ của một nhà sử học theo thuyết châu Âu luận (Eurocentrism) hiện đại[6]. Blaut còn chỉ trích việc Diamond sử dụng một cách mập mờ các thuật ngữ "Âu-Á" và "sáng tạo" một cách lỏng lẻo, thiếu chặt chẽ, mà ông tin rằng khiến người đọc hiểu nhầm rằng Tây Âu sẽ chịu trách nhiệm về những phát minh công nghệ nảy sinh ở Trung Đông và châu Á[7].

Các phê bình khác đã được nêu ra đánh giá về lập trường của tác giả đối với cuộc cách mạng nông nghiệp[8][9]. Quá trình chuyển đổi từ săn bắt và hái lượm sang nông nghiệp không nhất thiết phải là một quá trình một sớm một chiều. Người ta đã lập luận rằng săn bắn và hái lượm thể hiện một chiến lược thích ứng, chiến lược này vẫn có thể được khai thác, nếu cần, khi sự thay đổi môi trường gây ra căng thẳng về vấn đề lương thực cho nhà nông[10]. Trên thực tế, đôi khi rất khó để vạch ra ranh giới rõ ràng giữa xã hội nông nghiệp và xã hội săn bắn hái lượm, đặc biệt là kể từ khi nông nghiệp được áp dụng rộng rãi và kết quả là sự truyền bá văn hóa đã xảy ra trong suốt hơn 10.000 năm qua[11]

Kerim Friedman đã viết rằng: "Mặc dù thật thú vị và quan trọng khi đặt câu hỏi tại sao công nghệ lại phát triển ở một số quốc gia trái ngược với những quốc gia khác, nhưng tôi nghĩ rằng nó đã bỏ qua một vấn đề cơ bản: đó chính là sự bất bình đẳng trong các quốc gia cũng như giữa các quốc gia". Kathleen Lowrey lập luận rằng Súng, Vi trùng và Thép là "những lời thì thầm độc ác: kẻ lừa bịp về chủ nghĩa thực dân, chế độ nô lệ, chủ nghĩa tư bản, phân biệt chủng tộc và chủ nghĩa tân đế quốc, phải, đó tất cả những gì bạn muốn, nhưng đó không phải lỗi của ai cả. Đây là một cảnh sát độc ác. [...] Về cơ bản, người ta nói [các nền văn hóa/xã hội không phải phương Tây] thật đáng thương..[12]. Timothy Burke, một giáo viên về lịch sử châu Phi, đã chỉ trích Diamond vì đã xếp hầu hết những người châu Phi cận Sahara trước năm 1500 (ngoại trừ những người nói tiếng Khoisan và 'người lùn'), vào nhóm chủng tộc "người da đen" ngay cả khi ông "thừa nhận rõ ràng rằng đó là một loại phân loại cực kỳ kém mô tả của các nhóm người mà ông đang xếp vào danh mục đó".